Il metodo Reiki di Mikao Usui, nella tradizione del lignaggio occidentale (Usui reiki Shiki Ryoho, asse Usui-Hayashi-Takata) viene generalmente trasmesso in tre livelli (alcune scuole propongono un maggior numero di livelli, che derivano spesso da suddivisioni ulteriori dei livelli originari): due livelli per operatori (shoden e okuden o, più semplicemente, primo e secondo livello) ed un livello riservato a chi decide di dedicarsi all’insegnamento (Shinpiden o, più semplicemente, livello master).

Shoden (Primo Livello)
Con l’armonizzazione di primo livello si diventa praticanti Reiki a tutti gli effetti, si apprende come eseguire trattamenti Reiki manuali su se stessi e sugli altri. Il Reiki riequilibra il piano energetico e, di riflesso, agisce sul corpo fisico portando sollievo al dolore e stimolando le capacità di autoguarigione del ricevente.

Okuden (Secondo Livello)
Al secondo livello il Reiki agisce più in profondità e si apprende l'utilizzo di tre particolari "chiavi energetiche": i simboli (in giapponese: shirushi).
L'energia trasmessa viene potenziata e modulata per indirizzarne gli effetti principalmente sul piano fisico oppure su quello mentale/emozionale, trattando quindi problemi quali ansia, depressione, stress.
Al secondo livello è possibile effettuare trattamenti a distanza (spaziale e/o temporale) e armonizzare le situazioni presenti e future. Si passa dalla “fase manuale” del primo livello alla “fase creativa”.

Shinpiden (Terzo Livello)
È il livello che fornisce gli elementi per insegnare Reiki, il cosiddetto maestrato. Si noti che alcune scuole dividono il terzo livello in due sottolivelli distinti.

Per completezza di informazione, pare che inizialmente il sistema Reiki non prevedesse gradi. In seguito (1923), prendendo ad esempio il sistema di graduazione adottato nel Judo, si utilizzò un sistema formato da 6 gradi Kyu e 7 gradi Dan. Nel 1925 si trasformò il sistema di graduazione utilizzando il più antico sistema dei Menkyo per giungere, nel 1926, ad un sistema di graduazione molto vicino a quello utilizzato nel lignaggio occidentale.

Alcune scuole utilizzano sistemi di graduazione leggermente diversi. A puro titolo di esempio, nel Komyo Reiki del monaco Hyakuten Inamoto vi sono quattro livelli che rispecchiano a grandi linee il sistema di graduazione Menkyo in uso nel 1925 ma con il quarto livello denominato Shinpiden e non Kaiden.